Mexiko, dem damaligen Neu-Spanien, widmete der Forscher in den Jahren 1803 und 1804 die intensivsten und vielseitigsten Studien. Zwei Themen waren es, die hier vor allem sein Interesse leiteten: die vorspanischen Kulturen und der Bergbau. Mehr als einen Monat lang studierte ihn Humboldt in Guanajuato unter Tage. Er übte scharfe Kritik: »Die Indianer sind zu Tausenden in den mexikanischen Bergwerken gestorben, so wie die afrikanischen Sklaven aus Entkräftung und Mangel an Nahrung und Schlaf in den Antillen dahinsinken.« Er schlug Reformen der Bergbautechnik und eine Verbesserung der sozialen Lage der indianischen Arbeiter vor. Aber durch seine Statistiken über die reichen Erzvorkommen lockte er später zahlreiche  europäische Unternehmer und Abenteurer ins Land, die die Minen noch intensiver ausbeuteten und für soziale Veränderungen wenig Interesse zeigten.