In Bogotá trafen Humboldt und Bonpland den besten Botaniker Lateinamerikas, José Celestino Mutis. Monatelang tauschten sie ihre Kenntnisse und ihr Material aus. Mutis, der Leiter der dort ansässigen »Botanischen Expedition«, ließ von seinen Mitarbeitern Tausende von Pflanzenaquarellen anfertigten. Sie zählen zu den bedeutendsten Leistungen der botanischen Abbildungskunst. In seiner Malschule wurden 32 Pflanzenmaler ausgebildet, darunter auch zahlreiche begabte Indios. Humboldt und Bonpland brachten schließlich von ihrer amerikanischen Reise 6000 Herbarexemplare mit, von denen sie später über 1200 im Reisewerk in Kupferstichen abbildeten. Die Erforschung der Pflanzen hatte auch einen praktischen Sinn: das Chinin beispielsweise, das man aus der Rinde bestimmter Bäume gewann, wurde zur Abwehr und Bekämpfung der Malaria immer wichtiger. Durch seine Anwendung konnten bis dahin malariaverseuchte Gebiete des Landes besiedelt werden.